Er zijn verschillende klassen als het gaat om de bouw van Aminozuren gaat. Er zij op gewezen dat alle aminozuren ten minste twee koolstofatomen bevatten. Het koolstofatoom waarop de aminogroep zich bevindt, bepaalt uiteindelijk de aminozuurklasse.

De verschillende klassen aminozuren worden hier opgesomd:

Alfa-aminozuur: De zogenaamde alfa-aminozuren komen het meest voor in de natuur. In dit aminozuur is de aminogroep gebonden aan het tweede koolstofatoom, dat op zijn beurt het dichtst bij de carboxylgroep ligt.

Het bijzondere van deze klasse aminozuren is dat het menselijk lichaam alleen de alfa-aminozuren op een zinvolle manier kan gebruiken, b.v. voor de opbouw van eiwitten. De eenvoudigste vertegenwoordiger van de alfa-aminozuren is Glycine. Wanneer men het over aminozuren heeft, spreekt men gewoonlijk altijd over alfa-aminozuren.

Beta-amino zuur: De aminogroep van het beta-aminozuur daarentegen bevindt zich op het derde koolstofatoom. De eenvoudigste vertegenwoordiger hier is de beta-Alanine. Beta-aminozuren zijn echter betrekkelijk zeldzaam. Zij worden onder andere af en toe aangetroffen in antibiotica.

Gamma aminozuur: De aminogroep van het gamma-aminozuur bevindt zich op zijn beurt op het vierde koolstofatoom bij de eenvoudigste vertegenwoordiger, het gamma-Aminoboterzuur (GABA)